同じ現象が、今作ってるサイトでも発生したので対応メモ。
デザイン管理→ページ詳細から新規にページを作成するとhtml/user_dataのなかに新しいページ名.phpのファイルが出来て、そこにアクセスで表示されるようになるのですが、うちのサーバーでは、何回作成しても500エラーの表示で、作成したページにアクセスできませぬ。
調べてみると、さくらのレンタルサーバーでも起きるらしい。
ということで以下対策メモ

ほぼフォーラムのコピーなので、フォーラムをお読み下さい。こちらはあくまでも個人用です。

ただ単に、新規作成のページのパーミッションが666になってるので、それを644に変更すればいいのですが、Adminページ上で編集する度にEC-cube側の仕様で、パーミッションが666に戻ってしまい、また変更という感じでいたちごっこみたくなっちゃいます。
ということで、そんな仕様を変更。

/data/class/pages/admin/design/LC_Page_Admin_Design_MainEdit.php

// phpファイルの作成
$fp = fopen($path,"w");
fwrite($fp, $php_data);
chmod($path, 0644); //この行追加
fclose($fp);

以上